4490 sayılı ve 16.12.1999 tarihli Türk Uluslararası Gemi Sicili Kanunu ile 491 sayılı Kanun Hükmünde Kararnamede Değişiklik Yapılmasına Dair Kanun, Türk Uluslararası Gemi Sicili Yönetmeliği ve 69 Seri No.lu Kurumlar Vergisi Genel Tebliği uyarınca Türk Uluslararası Gemi Siciline kayıtlı gemilerin vergileme usulleri kısaca aşağıdaki gibi olacaktır.
1- 4490 sayılı Kanun uyarınca oluşturulan Türk Uluslararası Gemi Siciline kayıtlı gemilerin işletilmesinden ve devrinden elde edilen kazançlar (dar mükellefler dahil) Gelir Vergisi, Kurumlar Vergisi ve Fonlardan istisnadır.
2- Türk Uluslararası Gemi Siciline kaydedilecek gemilere ve yatlara ilişkin alım, satım, ipotek, tescil, kredi ve navlun mukaveleleri; damga vergisine, harçlara, banka ve sigorta muameleleri vergisine ve fonlara tabi tutulmazlar.
3- Gelir ve Kurumlar vergisinden istisna edilen bu kazançlar Gelir Vergisi Kanunu’nun 94. maddesinin 6 numaralı bendinin (b) alt bendine göre tevkifata da tabi tutulmayacaktır.
4- Gemi işletmeciliğinden elde edilen kazançların ortaklara kar payı olarak dağıtılması halinde, kurum kazancının tamamen veya kısmen gemi işletmeciliğinden elde edilip edilmediğine bakılmaksızın, kar payı elde eden tam mükellef gerçek kişiler tarafından vergi alacağı da hesaplanarak Gelir Vergisi Kanunu’nun 85 ve 86. maddeleri hükümleri çerçevesinde menkul sermaye iradı olarak beyan edilmesi gerekir.
5- Türk Uluslararası Gemi Siciline kayıtlı gemilerin işletilmesinden ve devrinden sağlanan kazançlar, kurumlar vergisine tabi tutulmadığından bu kazançlara isabet eden giderlerin kurumlar vergisi matrahının tespitinde gider olarak indirilmesi kabul edilmez.
Gemi işletmeciliği faaliyetinden zarar doğması halinde, bu zararlar diğer faaliyetlerden sağlanan karlardan düşülemez.
6- Vergi incelemeleri de dahil olmak üzere Vergi Usul Kanunu’nun mükelleflerin ödevleri başlığı altında düzenlenen bildirimler, defter tutma, fatura alma/verme, defter ve belgelerin muhafazası ve vergi incelemelerinde ibrazı, değerleme hükümleri, yeniden değerleme, amortisman uygulaması, ve ceza hükümleri bu mükellefler için de geçerlidir.
7- Türk Uluslararası Gemi Siciline kayıtlı gemilerde çalışan personele ödenen ücretler gelir vergisi ve fonlardan müstesnadır.
8- Gemi personeline ödenen ücretler Damga Vergisi Kanunu’na ekli I sayılı tablonun IV/I-1 gereğince binde 6 oranında damga vergisine tabidir.
9- Gemi işletmeciliği yapan firmanın gemide çalışan personeli dışındaki personeline (şirket yöneticileri, büro çalışanları ve diğer personel) ödenen ücretler bu istisnadan yararlanamayacaktır.
10- Gemiyi işleten firmanın personeli olmayıp ta bu gemilerde çeşitli nedenlerle geçici olarak çalışan kişilerin kendi işverenlerinden alacakları ücretler istisna kapsamında değildir.